BPN (Badan Pertanahan Nasional) dan Kantor Pertanahan memiliki perbedaan utama dalam lingkup kerja dan tanggung jawab. BPN adalah lembaga vertikal di tingkat nasional yang mengawasi dan mengendalikan kegiatan pertanahan secara nasional, termasuk memberikan pelayanan langsung kepada masyarakat di Kantor Pertanahan. Kantor Pertanahan, di sisi lain, merupakan unit kerja BPN di tingkat kabupaten/kota yang fokus pada pelaksanaan kegiatan pertanahan di wilayah tersebut. 

Kantor Pertanahan Kabupaten Pekalongan adalah lembaga pelaksana di tingkat daerah yang memberikan pelayanan langsung kepada masyarakat Kabupaten Pekalongan dengan melaksanakan kegiatan pertanahan di wilayah kabupaten dan bertanggung jawab kepada BPN melalui Kantor Wilayah.